Основанию Казанского монастыря предшествовало явление Ярославской-Казанской иконы Пресвятой Богородицы и связано оно с событиями Смутного времени.

Образ Божией Матери Ярославская Казанская. 1588 г.
Эта святыня является одним из первых списков с Казанской иконы явленной в 1579 году в граде Казани. Икона была принесена в 1588 году в город Романов его жителем Герасимом из Казани, где он получил исцеление руки от этого образа. В период польско-литовской интервенции 1608-1614 годов, при отступлении поляков из Романова польским поручиком Любским в Ярославль был вывезен чудотворный образ, впоследствии выкупленный у него благочестивым ярославским купцом Василием Лыткиным. В апреле 1609 года началась осада Ярославля. Именно в это тяжелое время проявилось заступничество чудотворной иконы. Пречистая Матерь, явившись в видении дьякону Крестовоздвиженской церкви Елеазару, открыла свою святую волю, что бы построили в честь Ее чудотворного образа храм и при этом «изрекла Свое слово с надежным упованием: яко им буду воспоможением своим невидимо твердыня и стена, паче всякия ограды и оружия от супротивных супостат…» .
Спустя 24 дня поляки, понеся большие потери, сняли осаду и отступили от Ярославля. Жители города увидели в этом заступничество Божией Матери. За чудесное спасение города и в благодарность Пресвятой Богородице ярославцы начали строительство храма в честь чудотворной ее иконы Казанской.
Основное каменное строительство в обители началось в XIX веке при игумении Маргарите и было связанно с необходимостью обновить обветшавшие постройки и с перепланировкой улиц города. На месте прежнего храма с 1835 по 1845 гг возведен Казанский собор. В 1820-1828 гг. была возведена зимняя церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы с трехъярусной колокольней. С 1878 по 1881 гг.построен домовый храм во имя Сретения Господня при игуменском корпусе. Одновременно к игуменскому корпусу пристроено трёхэтажное каменное здание для удобного размещения монастырской трапезы, золотошвейных и иконописных мастерских, певческого зала и классов.

Казанский монастырь в начале XX века.
К своему 300-летию монастырь насчитывал около 400 сестер и славился золотошвейным и иконописным мастерством. При этом обитель отличалась скромностью, стройным молитвенным пением, размеренными службами, торжественными крестными ходами с чудотворной иконой до Романова и Рыбинска. 20-21 июля 1910 г. юбилейное богослужение в обители возглавил святитель Тихон (Белавин), архиепископ Ярославский и Ростовский (с 1917 г. – Патриарх Московский и всея Руси).
Во время белогвардейского восстания в городе июле 1918 года обитель сильно пострадала от артиллерийских обстрелов. Были разрушены колокольня, северо-западная башня, два келейных корпуса. В декабре 1918 года монастырь был закрыт, однако Покровский храм продолжал действовать как приходской до конца 1921 года. В нем сохранялись главные святыни монастыря — Ярославская-Казанская икона Божией Матери, икона Спаса Нерутворного и Троеручица. По закрытии Покровского храма община была переведена в Крестовоздвиженский храм, куда были перемещены и святыни. Игумения Феодотия с сёстрами переехали в Толгскую обитель и жили там до ее закрытия.
В октябре 1925 года из Крестовоздвиженской церкви города была похищена чудотворная Ярославская Казанская Икона Божией Матери вместе с драгоценной ризой, оставлена только живописная рама с клеймами, которая находится в экспозиции древнерусского отдела Ярославского художественного музея. Участь иконы не известна до настоящего времени.
Казанская обитель претерпела многие разрушения и период запустения в годы советской власти, разделив участь многих монастырей России. Возрождение обители началось в 90-х годах. Еще не возвращенный Церкви Казанский собор был увенчан пятью золочеными главами. В 1997 году возобновилась богослужебная жизнь обители.
В 1998 году решением Священного Собора открыт Казанский женский монастырь г. Ярославля спустя 80 лет запустения. На должность настоятельницы назначена монахиня Михаила (Сафонова) из Толгского женского монастыря, вместе с которой прибыли первые сестры. В том же году архиепископом Михеем монастырю передан чудом сохранившийся список с Ярославской Казанской иконы Божией Матери, сделанный сестрами обители в 1881 году.

Список чудотворной иконы Божией Матери Ярославская Казанская. 1881 г.
В 1998 году была передана и начала восстанавливаться Сретенская домовая церковь. С 1999 года началась реконструкция Казанского собора. Но весь объём собора и фрески на его сводах открылись взору молящихся только к 2007 году. В мае 2011 было начато восстановление храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы, который спустя два года после реставрации был открыт для богослужений. В 2003 году на территории Казанского монастыря, перед собором, был установлен памятный поклонный крест «Жертвам кровавых событий в лето 1918 года».
Накануне престольного праздника обители 3 ноября 2000 года монастырю были переданы чудотворные мощи святителя Агафангела, Митрополита Ярославского и Ростовского, причисленного к лику святых, новомученников и исповедников российских.
В настоящее время на территории обители расположена Ярославская губернская гимназия имени свят. Игнатия Брянчанинова и Регентская школа при Ярославской духовной семинарии. Сестры монастыря, следуя монастырским традициям, пекут просфоры для многих храмов епархии, занимаются пением, рукоделием, учатся золотошвейному и иконописному мастерству.
Возрождение Казанского женского монастыря, этой древней православной святыни, расположенной в самом центре Ярославля – это большое чудо!
Здесь особо видны забота и помощь Матери Божией!